На поверхности плодов, ягод и других видов растительного сырья содержат большое количество микроорганизмов, попадающих на них из почвы, воды, воздуха, заносятся насекомыми, птицами и др.
Неповрежденные свежие плоды и овощи обладают природным иммунитетом к микробным поражениям, обусловленным как анатомическим строением, особенно строением покровов, то есть кожицы, так и химическим составом (наличием органических кислот, эфирных масел, фитонцидов и так далее). Вследствие недостатка питательных веществ и влаги на неповрежденной поверхности плодов и овощей могут развиваться лишь немногие микроорганизмы, называемые эпифитами. Видовой состав и численность этих микроорганизмов зависят от вида растений, географических, климатических и других условий их произрастания. Эпифиты являются типичными сапрофитными микроорганизмами, которые могут служить причиной порчи растительного сырья при нарушении целостности покровов, у перезревших плодов и овощей, получив доступ к глубоким слоям тканей. Эпифитные микроорганизмы составляют значительную часть всех микроорганизмов, населяющих плоды и овощи. Весь цикл развития этих микроорганизмов может проходить в хранилище.
В процессе хранения плодов, овощей и фруктов их порча обычно начинается с развития мицелиальных грибов, которые с помощью выделяемых гидролитических ферментов повреждают кожицу, внедряются в ткани и вызывают их разрушение, называемое гнилью.
У овощей, содержащих больше белковых веществ и имеющих кислую реакцию сока, чаще всего встречается бактериальная гниль. Ткани плодов и овощей подвергаются мацерации (распаду), темнеют, размягчаются до разжижения.
Порча плодов, и особенно ягод, вызывается и дрожжами, которые сбраживают сахар в этиловый спирт и углекислый газ. При этом плоды и ягоды приобретают спиртовой привкус, а иногда и прокисают ввиду развития дрожжей и уксуснокислых бактерий.
